Может быть проблема в том, что у них один ip-фдрес? Но домены все равно разные. Можете подсказать, что именно попробовать изменить в настройка сервера?
С другими скриптами проблем не было. Например phpBB можем хоть сколько копий устанавливать.
Причина не в системе. Положите в созданную директорию файлик 1.htm с каким-либо содержим и обратитесь к нему через браузер вида http://second/1.htm
как только заработает - значит и система начнет работать.
Вы в c:\{WINDIR}\system32\drivers\etc в host-файл запись внесли?
Апач после этого перезапустили?