Для версии 6:
1. Создаете общий сайт, на котором будете выводить отдельные домены.
2. В списке доменов добавляете домен
*.site.ru
3. На главной странице сайта публикуете ТДС магазина, в самом начале кода настроек ТДС пишите примерно следующее:
// Получаем поддомен
list($firstPart) = explode('.', Core::$url['host']);
// Добавляем путь от магазина и первую группу
Core::$url['path'] = '/shop/' . $firstPart . Core::$url['path'];