При работе PHP в режиме CGI недоступна HTTP-авторизация, которая необходима для осуществления авторизации 1С на сайте при обмене данными.
Для решения проблемы в .htaccess в корне сайта после RewriteBase / внесите следующие строки.
Может вызывать после авторизации ошибку 403, в таком случае воспользуйтесь вариантом 2.
RewriteCond %{HTTP:Authorization} !^$
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/shop/1c/.*
RewriteRule ^(.*)$ /index.php?authorization=%{HTTP:Authorization}&%{QUERY_STRING}
Используется с Apache 2.2+, при этом в коде ТДС обмена проверьте наличие проверок на REDIRECT_HTTP_AUTHORIZATION, если нет, то запросите актуальную версию ТДС в поддержке.
RewriteCond %{HTTP:Authorization} !^$
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/shop/1c/.*
RewriteRule .* - [E=HTTP_AUTHORIZATION:%{HTTP:Authorization}]