How To: Исключить модификации из результатов поиска

Для исключения модификаций из результатов поиска выключите флаг "Индексировать" для всех модификаций и выполните переиндексацию сайта.
Отключить индексацию всех модификаций можно SQL-запросом:

UPDATE `shop_items` SET `indexing` = 0 WHERE `modification_id` > 0;

Если вы хотите запретить индексацию модификаций поисковыми системами, то см. Запрет индексации поисковыми системами страниц, для которых отключена индексация внутри системы.