Перейдите в модуль через основное меню Обслуживание → База данных, с помощью пункта Оптимизировать в меню База данных выполните оптимизацию всех таблиц.
Выполнение оптимизации таблиц MyISAM рекомендуется производить после интенсивной работы с сайтом.