Если каталог организован на базе инфосистемы, то количество выводимых на страницу инфоэлементов необходимо указывать при редактировании узла структуры для данной инфосистемы в поле "Число выводимых элементов на страницу".
Если каталог на базе интернет-магазина, то количество выводимых на страницу элементов задается при редактировании самого интернет-магазина.
Caput,
Уверены, что 50 устанавливаете не в атрибутах инфосистемы, а именно в структуре сайта? Если делаете правильно - пишите в поддержку запрос с описанием проблемы и предоставлением данных.