В таком случае передавайте параметр через $external_propertys, "сообщающий" о необходимости отображения описания. Например:
$external_propertys['ОтображатьОписаниеИС']=1;
...
$InformationSystem->ShowInformationSystem($InformationSystemId, $InformationGroupId,'СписокЭлементовИнфосистемы',$item_count,0,$external_propertys);
В XSL-шаблоне добавляем проверку на параметр:
<!-- Если в находимся корне - выводим название информационной системы -->
<xsl:if test="blocks/parent_group_id=0">
<h1><xsl:value-of disable-output-escaping="yes" select="blocks/name" /></h1>
<xsl:if test="ОтображатьОписаниеИС=1">
<xsl:value-of disable-output-escaping="yes" select="blocks/description" />
</xsl:if>
</xsl:if>