phantik, для начала нужно определиться с именем массива, который передается третьим параметром в методе ShowStructure. Потому как передаете вы $property, но кое-где используете $param, например $param['show_shop_groups']. Это исправить нужно.
Поэтому, чтобы скрыть некоторые группы, передать соответствующий массив можно так:
$property['hidden_groups'] = array('11', '12', '13', '14'

;
$Structure->ShowStructure(false, $xsl, $property);