я нашел решение, может оно и не совсем корректное, но у меня удалилось 15000 товаров.
заходим в импорт товаров и выбираем импорт CML , создаем пустой файлик с расширением xml , выбираем его и ниже в форме ставим значение "Удалить все товары" стартуем и вуаля!