В версии 5.0 было осуществлено разделение данных по сайтам, в частности в зпрос ена обновление есть такой фрагмент:
-- Указание ID сайта
UPDATE `documents_dir_table` SET `site_id` = 1;
UPDATE `documents_table` SET `site_id` = 1;
UPDATE `documents_status_table` SET `site_id` = 1;
UPDATE `maillist_table` SET `site_id` = 1;
UPDATE `advertisement_group_table` SET `site_id` = 1;
UPDATE `advertisement_table` SET `site_id` = 1;
UPDATE `lists_table` SET `site_id` = 1;
UPDATE `forms_table` SET `site_id` = 1;
UPDATE `templates_table` SET `site_id` = 1;
UPDATE `data_templates_table` SET `site_id` = 1;
Замените в этом фрагменте 1 на ID того сайта, к которому нужно привязать данные и выполните эти запросы.