Хех. А если позиций 40 тыс. - по 100 штук удалять будет очень увлекательно.
Я использовал SQL запрос: TRUNCATE TABLE `shop_items_catalog_table`
Но ведь остается еще туча каталогов с содержимым в \uploads\shop_#
Даже через админ-панель хостера это почистить проблематично, не говоря про FTP удаленно.
Кстати, если убить, как вы предлагаете весь магазин (радикально) будет ли убит весь мусор?
Прочтите режимы обновления:
Действие для существующих товаров
* Удалить существующие товары (во всех группах)
* Обновить информацию для существующих товаров
* Оставить без изменений