Mikhail,
у файла и директории кроме прав доступа есть еще и владелец.
При использовании собственного сервера изменить владельцев файла можно командой, выполненной через SSH в корне системы, например:
# chown -R apache:apache *
вместо apache:apache необходимо указать требуемого владельца (пользователя) файла и группу.
Узнать владельца можно, например, зайдя в директорию ./logs/ в корне системы управления и выполнив команду:
# ls -l
В результате Вы узнаете, под каким пользователем создаются новые файлы и сможете выполнить команду chown.
Обращаю внимание, что в директории logs сейчас у Вас файлы с предыдущего сервера и владельцы у них могут быть не те, котору нужны. Поэтому Вы можете удалоить файл лога за сегодняшний день, зайти в центр администрирования, после чего выполнить команду через SSH и посмотреть владельца и группу для файла лога за сегодняшний день.