Varkolak,
unix/linux не важно. Для автоматического обновления нужно установить права на директории (в большинстве случаев достаточно 755):
./admin/
./modules/
./hostcmsfiles/
и php-файлы в корне.
Команда установки прав на директорию будет, например,
chmod -R 755 ./admin/
Также необходимо корректно установить владельцев файлов
При использовании собственного сервера изменить владельцев файла можно командой, выполненной через SSH в корне системы, например:
# chown -R apache:apache *
вместо apache:apache необходимо указать требуемого владельца (пользователя) файла и группу.
Узнать владельца можно, например, зайдя в директорию ./logs/ в корне системы управления и выполнив команду:
# ls -l
В результате Вы узнаете, под каким пользователем создаются новые файлы и сможете выполнить команду chown.
Пример команды:
chown -R apache:apache ./admin/