Карта сайта

В карте сайта выводятся элементы и категории что в информационных системах отключены? Как это поправить?

Проверено: при отключении активности инфоэлементов в карту сайта они не попадают. А вот с группами действительно наблюдается описанная вами проблема. Она будет решена в ближайшем обновлении(5.5.7, которое планируется к выпуску сегодня).