<xsl:template match="/">
<xsl:variable name="message">my message text</xsl:variable>
<script>
<xsl:comment>
<xsl:text disable-output-escaping="yes">
<![CDATA[
alert(']]></xsl:text>
<xsl:value-of select="$message"/>
<xsl:text disable-output-escaping="yes"><![CDATA[');
]]>
</xsl:text>
</xsl:comment>
</script>
</xsl:template>
Должно вывестись что-то типа
<script><!--
alert('my message text');
--></script>
Возможно потребуется создать константу ALLOW_FORMAT_XSL_HTML, задать ей значение false и включить ее.