О, да. Осенью я с этой темой долго мучал техподдержку )
В общем-то на данный момент у меня есть подозрение что достаточно написать
$element['group_property_id']
вместо
$element['property_id']
при создании фильтра и добавить созданный фильтр $element к массиву $property['select_groups']
$property['select_groups'][] = $element;
Но в начале осени функционала по отбору групп еще не было и в тот момент пришлось изрядно потанцевать с бубном, а проверить прав ли я в своих предположениях случая с тех пор не представилось.
Пробуйте и пишите, если что - постараюсь помочь.