Ох,
kvasiliy, как-то вы все в кучу свалили. Проблемы с переходами по страницам сайта вероятно действительно связаны с тем что ссылки у вас русскоязычные, где-то на форуме мне встречалась информация что русскоязычные ссылки будут нормально работать только когда система будет переведена на utf-8.
а вот насчет того что у вас нет ссылок типа "http://altay-magazin.ru/?action=add&item_id=4402" это вы немного погорячились ) есть они у вас. Во всяком случае формируются, при чем еще и неправильно, судя по url
?action=add&item_id=4402 это ссылка на добавление товара в корзину, дублирущая ajax-добавление на случай если у юзера отключен javascript. На корень такая ссылка вести не может (было бы странно, если бы в сделали корзину в корне сайта

), вести она должна по умолчанию на /shop/cart/, я у себя иногда переделваю на /cart/, если магазин расположен в корне сайта.
Ссылки эти выводятся в шаблонах КаталогТоваров и Товар, там же, где формируется картинка с корзиной для добавления товара.
Чтобы эти ссылки не попадали в индексы поисковиков применяются следующие нехитрые правила.
Для всех - закрыть в robots.txt каталог, в котором расположена корзина
Disallow: /shop/cart/
robots.txt в hostCMS редактируется в разделе Сайты, там у каждого сайта есть вкладочка с таким названием
Для гугла в сслыке там же где href надо дописать
rel="nofollow"
для Яндекса закрыть ссылку тегами
<noindex> ... </noindex>
и еще для Яндекса стоит дописать в robots.txt такую строчку
Clean-param: action&saller_id&price_from&price_to&on_page&sort_by_field&order_direction&apply_filter /*
чтобы страницы с перечисленными параметрами не считались за индивидуальные а "склеивались" со страницей без параметров.
ну вот как-то так...