В css-файле - никак, увы

По поводу большого кода в шапке могу разве что предположить, что на этапе создания и отладки сайта этот код там не так уж сильно мешает (во всяком случае с точки зрения оптимизации загрузки сайта пользователю), а перед запуском можно все-таки вынеси его в отдельный файл, воспользовавшись файловым менеджером из загрузчика картинок в визуальном редакторе текстов и описаний элементов ИС и ИМ.
Ага, извращение, согласен.
Но отключать на сервере FTP - не меньшее извращение, имхо.