Откуда появляются лишние    

Хорошо, а что тогда происходит с редактором страниц в версии 5.9.20 ?

AmEnglish,
Что такое редактор страниц?

Т.е. речь видимо идет про TinyMCE или возможно о действии самой системы в момент записи данных. После первой верстки все ОК (в большинстве случаев). После вторичной правки и след. изменениях теги strong и em превращаются в span. И в случае если их прописывать вручную. И в случае если их делать с помощью средств визуального редактора

у меня тоже такая проблема есть, я вообще всегда блокнотом пользовался для вставки. Очень неудобно когда в код к примеру макета вставляешь и там потом куча пустых строх, вообще жуть. Кто-нибудь победил это?

Пухата, если речь идет именно о кодах макетов, шаблонов страниц, xsl-шаблонов и ТДС, то виной всему скрипт, который отвечает за подсветку кода. Он порою действительно при вставке ведет себя не совсем адекватно.
Я-то, как правило, редактирую файлы макетов-шаблонов-ТДС в десктопных редакторах, открывая их с FTP, поэтому эти глюки мне не мешают.
А если вас сильно раздражает, то есть константа (не помню ее сейчас) для отключения подсветки кода в шаблонах и макетах.

А, вот кстати, константа, нашел ее описание в обновлениях:
Цитата:

Для отключения подсветки создайте активную константу DISABLE_SYNTAX_HIGHTLIGHTING со значением true.

P.S. Ну или протсо пользуйтесь Оперой - в ней подсветка не работает

Так что делать с заменой strong и em на span. Этот вопрос если я не ошибаюсь остался открыт?

Vist,
Константе DENY_GZIP_WYSIWYG установите значение true после чего обновите страницу в ЦА по CTRL+F5