Да, в базе не хранятся.
Как вариант - выбрать ID всех товаров, у которых checkbox отмечен, а потом добавить фильтр по основному свойство id товара, и в суфиксе написать NOT IN () с перечислением идентификаторов в скобках, или воспользоваться параметром $param['NotIn'].
Да, накладно, согласен.
Но альтернативы не вижу.
Заказов не беру. Консультирую редко.