Три сайта на одном экземпляре hostcms на одном домене

Вроде бы, один экземпляр hostcms позволяет управлять несколькими сайтами.

А можно ли управлять сайтом, расположенном на выбранном домене, плюс еще двумя сайтами на двух поддоменах этого же домена?

можно, при условии что у вас редакция хостцмс выше чем "мой сайт".. (халява поддерживает 2 сайта, а мой сайт - только один... все редакции выше вроде без ограничений)
если первое условие у вас соблюдается, то делаете все другие доманные имена, поддомены и прочее - алиасами тог8о, на котором будет стоять система...
более того.. самих поддоменов может и не существовать, даже и нежелательно... так как физическое расположение папки поддомена в корне домена - только мешать будет... все равно вся инфа других сайтов будет располагаться физически иенно в корне основного сайта... так что достаточно прописать "виртуальные" поддомены алиасами и все...