Сижу на денвере, делаю сайт, пока халява вывел на морду положенную ссылку, но по верстке она оказалась невидима на странице. В один прекрасный момент админка перестает работать. захожу в папку сайта - а там почти пусто. Осталась только папка проекта, созданная IDE.
Нам неизвестно ни одного случая чудесного "самоудаления" файлов, кроме описанного Вами. Полагаю используемая Вами IDE могла по какой-то причине удалить файлы, других предположений нет.
IDE PhpStorm, лицензия куплена, пользуюсь не первый проект, даже не десятый, никогда ткого не случалось. Варианта три: Многосайтовость на денвере первый раз сделал, санкции со стороны CMS, очень интересный вирус. Первый вариант не исключаю, так-же как и второй, а вот вирус наврядли, они обычно системные файлы бомбят.
Вы скажите, предусмотрены-ли такие санкции с вашей стороны или нет?