так то оно так,
$shop->ImportCML($kernel->Xml2Array(file_get_contents($sTemporaryDirectory.$sFileName)), $iShopId, 1, 0, $sTemporaryDirectoryWithoutCmsFolder, FALSE);
Но ведь можно
$temp = $kernel->Xml2Array(file_get_contents($sTemporaryDirectory.$sFileName));
//пробежаться по $temp, выполнив некоторые преобразования
...
// и
$shop->ImportCML($temp, $iShopId, 1, 0, $sTemporaryDirectoryWithoutCmsFolder, FALSE);
если не прав, поправте пожалуйста