Evgeny77, у вас вопрос на уровне - в какую тарелку класть котлету, в белую или в синюю, есть ли разница? Из какой тарелки котлета будет вкуснее?
1. Разницы нет, информацию на хостинге вы вольны располагать как вам хочется. Единственное пожелание - определить какой-нибудь единый принцип и раскладывать в соответствии с ним, а не так, что потом половина файлов в images, половина в upload и еще несколько штук просто в корне.
2. Если папки на одном и том же сервере то нет
P.S. Но спасибо за вопрос, улыбнуло
