В таком случае подсчет количества инфоэлементов с неотмеченным доп. свойством необходимо производить другим способом. Т.к. инфосистема показывается у Вас в макете(или шаблоне страницы), то добавим конструктор запроса:
<?
$InformationSystem = new InformationSystem();
$external_propertys=array();
$external_propertys['ОтображатьСсылкуНаАрхив']=0;
$external_propertys['ОтображатьСсылкиНаСледующиеСтраницы']=0;
$element['type']=1;
$element['prefix'] = 'and ';
$element['property_id'] = 33;
$element['if'] = '=';
$element['value'] = '0';
$element['sufix']='';
$property['select'][]=$element;
$item_count = 100;
$InformationSystemId = 24;
$InformationGroupId = false;
$InformationSystem->ShowInformationSystem($InformationSystemId, $InformationGroupId, 'Колво',$item_count,0,$external_propertys, $property);
?>
В качестве $element['property_id'] подставите идентификатор Вашего доп. свойства free. Затем обязательно вносим изменения в XSL-шаблон "Колво".
<!-- ======================================================== -->
<!-- Шаблон выводит ссылки подгруппы информационного элемента -->
<!-- ======================================================== -->
<xsl:template match="group" mode="groups">
<xsl:param name="cur_group_id" select="@id"/>
<xsl:value-of select="count(/document/blocks/items/item[@group_id = $cur_group_id])"/>
...
