Хотелось бы получить ответ на изначальный вопрос:
Как переназначить $from через обработчик платежной системы без дополнительных правок handler.php?
Также интересно, можно ли во $from подставить e-mail из атрибутов сайта (раздел "Сайты"

?
Чисто теоретически, можно вообще весь handler без разбора скопировать в обработчик и его (handler) уже не вызывать,
и делать какие угодно правки уже в обработчике. Еще один жутко кривой метод, но для тех у кого только "оплата наличными"
наверное и так сойдет тоже.