Отвечу сам на свой вопрос.
В корне сайта лежит файл global_metas.php
В нем массив с мета-тегами.
'/' => Array(
'title' => '...',
'description' => '...',
'keywords' => '...',
),
В документации не копался, но видимо если тут прописан url страницы и соответствующие теги, то они выводятся отсюда, но не из БД.
Закомментировал нужные строки, проблема решилась.