Вот вы говорите используете схему 2.0.8, а при экспорте offers.xml вижу такое:
<КоммерческаяИнформация ВерсияСхемы="2.04" ДатаФормирования="2016-01-11T10:14:03">
К тому же, я не вижу, чтобы в экспорте были какие-либо поля, отвечающие за склады, о которых вы писали выше . Если бы они были, то я бы выгрузку из программы переделал под них.
Вот кусок экспорта с админки:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<КоммерческаяИнформация ВерсияСхемы="2.04" ДатаФормирования="2016-01-11T10:14:03">
<ПакетПредложений>
<Наименование>Пакет предложений</Наименование>
<ТипыЦен>
<ТипЦены>
<Ид>C5929D5B-35EF-28F1-DBF2-ECA4AFEF8164</Ид>
<Наименование>Розничная</Наименование>
<Валюта>RUR</Валюта>
</ТипЦены>
</ТипыЦен>
<Предложения>
<Предложение>
<Ид>000000000100000001010000000001000000010109000912420000008839</Ид>
<Артикул>15433</Артикул>
<Наименование>БКВ 20х10х200 25А</Наименование>
<БазоваяЕдиница НаименованиеПолное="">шт.</БазоваяЕдиница>
<Цены>
<Цена>
<ИдТипаЦены>C5929D5B-35EF-28F1-DBF2-ECA4AFEF8164</ИдТипаЦены>
<ЦенаЗаЕдиницу>390</ЦенаЗаЕдиницу>
<Представление>390 RUR за шт.</Представление>
<Единица>шт.</Единица>
</Цена>
</Цены>
<Количество>1</Количество>
</Предложение>