В Shop_Item_Import_Cml_Controller есть событие:
Core_Event::notify('Shop_Item_Import_Cml_Controller.onBeforeImport', $this);
вешаете на него обработчик, в котором выбираете товары магазина (не забывайте выбор делить по N, чтобы не исчерпать память), для товаров выбираете остатки на складах
$aShop_Warehouse_Items = $oShop_Item->Shop_Warehouse_Items->findAll();
и в цикле обнуляете.