Спасибо! Проблема решена.
Итоговый вариант для моей задачи оказался:
В файле lib_x.php
Перед кодом
$Shop_Controller_Show
->xsl(
Core_Entity::factory('Xsl')->getByName($xslName)
)
// Выводить свойства товаров
->itemsProperties(TRUE)
// Выводить специальные цены
->specialprices(TRUE)
// Выводить модификации на уровне с товаром
//->modificationsList(TRUE)
// Режим вывода групп
//->groupsMode('none')
// Выводить доп. св-ва групп
//->orderBy('marking', 'ASC')
->groupsProperties(TRUE)
->viewed(FALSE)
->show();
Можификация запроса:
$Shop_Controller_Show
->shopItems()
->queryBuilder()
->orderBy(Core_QueryBuilder::expression('SUBSTRING(`shop_items`.`marking`, INSTR(`shop_items`.`marking`, (\'.\' | \'-\') + 1))'),
'ASC');