aleksandrx100,
в версии 6.9.0 добавили два события при импорте заказов:
* @hostcms-event Shop_Item_Import_Cml_Controller.onBeforeImportShopOrder
* @hostcms-event Shop_Item_Import_Cml_Controller.onAfterImportShopOrder
у первого в аргументы передается array($oDocument), у второго array($oDocument, $oShop_Order) при этом если заказ не найден, то в $oShop_Order будет null.
Чтобы установить заказа оплачено, нужно вызвать метод paid()