Вероятно разрастается сайт. Сталкивался с таким неоднократно.
Как только вырастает вес /upload/ до нескольких гигабайт, то перестают создаваться бэкапы из центра администрирования.
Причина проста - не хватает ресурсов для выполнения операции в срок из-за небольших таймаутов на соединение.
Увеличение времени выполнения скрипта будет только временно эффективной мерой.
Лучше будет создавать бэкап средствами операционной системы. Напр
tar -czvf /path/to/backups/folder/2019-09-30-22-10-files.tar.gz /path/to/site/folder
+ можно автоматизировать создание бэкапов или даже организовать систему инкрементальных бэкапов, что может здорово сэкономить дисковое пространство.