В input с количеством добавьте атрибут step и выводите в него quantity_step из xml . Далее учитывайте этот шаг в js. Пример как сделано в стандартных шаблонах:
// Cart quantity
$(".qty-inner .qty-up").on("click", function() {
var jInput = $($(this).data('src')),
oldValue = jInput.val(),
step = jInput.prop('step');
jInput.val(parseFloat(oldValue) + parseFloat(step));
});
$(".qty-inner .qty-down").on("click", function() {
var jInput = $($(this).data('src')),
oldValue = jInput.val(),
step = jInput.prop('step');
if (oldValue >= step) {
jInput.val(parseFloat(oldValue) - parseFloat(step));
}
});