В общем вот код из обработки ОбменССайтом в 1С:
Если НЕ СтрокаДД.СкидкаВСумме = Истина Тогда
СуммаСкидки = СтрокаДД.СуммаСкидки;
Если СуммаСкидки <> 0 Тогда
Если СтрокаДД.ДокументОбъект.Товары.Количество() > 0 Тогда
РаспределитьСуммуПоКолонке(СтрокаДД.ДокументОбъект, СтрокаДД.ДокументОбъект.Товары, "Товары", -СуммаСкидки);
Иначе
РаспределитьСуммуПоКолонке(СтрокаДД.ДокументОбъект, СтрокаДД.ДокументОбъект.Услуги, "Услуги", -СуммаСкидки);
КонецЕсли;
КонецЕсли;
КонецЕсли;
т.е. т.к. скидки приходят из HostCMS c параметром <УчтеноВСумме>true</УчтеноВСумме>, то 1С скидки не раскидывает по товару (первое условие в приведённом коде). Чтобы скидки учитывались в заказе, надо править обработку 1С - в первом условии убрать НЕ.