Можете в коде настроек ТДС корзины делать проверку внутри if (!is_null(Core_Array::getRequest('oneStepCheckout'

)) по аналогии с контроллером стандартной корзины. Пример кода из контроллера:
$oShop_Item = Core_Entity::factory('Shop_Item')->find($oShop_Cart->shop_item_id);
if (!is_null($oShop_Item->id) && $oShop_Item->active)
{
// Проверять остаток для обычных товаров
if ($this->checkStock && $oShop_Item->type != 1)
{
$iRest = $oShop_Item->getRest() - $oShop_Item->getReserved();
// Reduce quantity
if ($iRest < $oShop_Cart->quantity)
{
$oShop_Cart->quantity = $iRest;
$oShop_Cart->save();
}
// Check new quantity
if ($oShop_Cart->quantity <= 0)
{
$oShop_Cart->delete();
$oShop_Cart = NULL;
}
}