lezhenkin,
В коде настроек ТДС корзины у вас должен быть код:
// Проверять остаток на складе при добавлении в корзину
$bCheckStock = TRUE;
// ...
$oShop_Cart_Controller = Shop_Cart_Controller::instance();
$oShop_Cart_Controller->checkStock($bCheckStock);
если нет, то добавьте checkStock(TRUE);