Ок, со стилями я разобрался вроде, осталось понять что нужно сделать, чтобы пропали дублирующие разделы.
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE xsl:stylesheet>
<xsl:stylesheet version="1.0"
xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform"
xmlns:hostcms="http://www.hostcms.ru/"
exclude-result-prefixes="hostcms">
<xsl:output xmlns="http://www.w3.org/TR/xhtml1/strict" doctype-public="-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN"
encoding="UTF-8" indent="yes" method="html" omit-xml-declaration="no" version="1.0" media-type="text/xml"/>
<xsl:template match="/site">
<ul class="menu_m">
<!-- Выбираем узлы структуры -->
<xsl:apply-templates select="structure[show=1]"/>
</ul>
</xsl:template>
<!-- Запишем в константу ID структуры, данные для которой будут выводиться пользователю -->
<xsl:variable name="current_structure_id" select="/site/current_structure_id"/>
<xsl:template match="structure">
<li>
<xsl:choose>
<xsl:when test="count(structure[show=1]) > 0">
<xsl:value-of disable-output-escaping="yes" select="name"/>
</xsl:when>
</xsl:choose>
<!--
Выделяем текущую страницу добавлением к li класса current,
если это текущая страница, либо у нее есть ребенок с атрибутом id, равным текущей группе.
-->
<xsl:if test="$current_structure_id = @id or count(.//structure[@id=$current_structure_id]) = 1">
<xsl:attribute name="class">current</xsl:attribute>
</xsl:if>
<xsl:if test="position() = last()">
<xsl:attribute name="style">background-image: none</xsl:attribute>
</xsl:if>
<!-- Определяем адрес ссылки -->
<xsl:variable name="link"><xsl:choose>
<!-- Если внешняя ссылка -->
<xsl:when test="is_external_link=1"><xsl:value-of disable-output-escaping="yes" select="external_link"/></xsl:when>
<!-- Иначе если внутренняя ссылка -->
<xsl:otherwise><xsl:value-of disable-output-escaping="yes" select="link"/></xsl:otherwise>
</xsl:choose></xsl:variable>
<!-- Определяем стиль вывода ссылки -->
<xsl:variable name="link_style"><xsl:choose>
<!-- Выделяем текущую страницу жирным (если это текущая страница, либо у нее есть ребенок с ID, равным текущей) -->
<xsl:when test="current_structure_id=@id or count(.//structure[@id=$current_structure_id])=1">font-weight: bold</xsl:when>
<!-- Иначе обычный вывод с пустым стилем -->
<xsl:otherwise></xsl:otherwise>
</xsl:choose></xsl:variable>
<xsl:choose>
<!-- Выделяем текущую страницу жирным (если это текущая страница, либо у нее есть ребенок с ID, равным текущей) -->
<xsl:when test="current_structure_id=@id or count(.//structure[@id=$current_structure_id])=1">
<a href="{$link}"><xsl:value-of disable-output-escaping="yes" select="name"/></a></xsl:when>
<!-- Иначе обычный вывод с пустым стилем -->
<xsl:otherwise>
<a href="{$link}"><xsl:value-of disable-output-escaping="yes" select="name"/></a>
</xsl:otherwise>
</xsl:choose>
<xsl:choose>
<xsl:when test="count(structure[show=1])">
<xsl:value-of disable-output-escaping="yes" select="name"/>
</xsl:when>
<xsl:otherwise>
<a href="{$link}"><xsl:value-of disable-output-escaping="yes" select="name"/></a>
</xsl:otherwise>
</xsl:choose>
<!-- Если не показывать ссылку - выводим просто имя ссылки -->
<xsl:if test="show_link=0">
<xsl:value-of disable-output-escaping="yes" select="name"/>
</xsl:if>
<!-- Выбираем подузлы структуры -->
<xsl:if test="count(structure[show=1]) > 0">
<ul>
<!-- Выбираем узлы структуры -->
<xsl:apply-templates select="structure[show=1]"/>
</ul>
</xsl:if>
</li>
</xsl:template>
</xsl:stylesheet>