1. Как исключать модификации. Их формирование по крайней мере странное?
2. Как исключить пункты структуры правильно?
3. Как исключить не нужные дополнительные свойства?
forbiddenTags(array('name'))
4. Как правильно формировать ссылки товаров... Они сейчас пустыми без названия формируются в XML.
Найдите товар в ЦА, посмотрите его путь и скажите в чем отличие.
Мы изменили работу с модификацией, чтобы установить повторно обновления, Вам необходимо для константы HOSTCMS_UPDATE_NUMBER установить значение на 1 меньше, чем есть сейчас, после чего в разделе обновлений повторно запросить обновления.
Что касается исключения полей, используйте на этой странице (и только на этой) события для исключения полей: http://www.hostcms.ru/forums/2/7123/