Для всех писем можете здесь поменять формат номера заказа
\modules\shop\order\i18n\ru.php и en.php
'shop_order_admin_subject' => 'Заказ N %1$s от %3$s в "%2$s"'
а здесь все остальное
\modules\shop\payment\system\handler.php
// Тема письма пользователю
$user_subject = !is_null($this->_siteuserMailSubject)
? $this->_siteuserMailSubject
: Core::_('Shop_Order.shop_order_admin_subject', $oShopOrder->invoice, $oShop->name, $date_str);