dzender, конкретные нюансы может учесть только тот, кто дорабатывал второй сайт после перехода на 6ю версию, но в общих чертах схема такова:
1. На новом сайте, который на 6й версии, устанавливаете все обновления, если есть неустановленные.
2. Затем делаете бекапы обоих сайтов - и старого, который на 5й версии, и нового. Бекапы - полные, т.е. по каждому сайту и файлы и базу.
3. Потом идете в админку старого сайта и обновляете его до 6й версии, с установкой всех возможных обновлений.
(Вполне вероятно, что перед шагом 1 и/или 3 система вам скажет что-нибудь типа "установка обновлений недоступна в связи с тем, что изменилась конфигурация сервера". В этом случае пишите письмо в техподдержку, с пояснением ситуации, и просите разрешить установку обновлений. Обычно ответ положительный и приходит очень быстро.)
4. Затем делаете еще один полный бекап старого сайта (уже обновленного) - и файлов и базы.
5. Копируете файлы из старого но обновленного сайта в новый. Но не все. Точно надо папку upload, а все остальное чаще всего нет. Точно не надо папки admin, cron, modules и templates, чаще всего вообще не надо или очень осторожно - внутренние папки из /hostcmsfiles
6. Через phpMyAdmin из БД старого но обновленного сайта сохраняете нужные таблицы. Это все что имеет отношение к комментариям, инфосистемам, магазину, доп.свойствам, пользователям сайта, баннерам и их показам, форуму, счетчикам и статичным документам, формам (обычным, не админским), в общей сложности, для "Корпорации" набирается около 130 таблиц. Таблицы имеющие отношение к структуре сайта, ТДСкам, XSL-шаблонам, админке и вообще все остальные сохранять не надо, иначе потом у вас новый сайт поломается. Перед созданием дампа, на странице настроек экспорта обязательно включите галочку "Добавить выражение DROP TABLE" (может называться иначе, но drop table в названии обязательно есть). В итоге вы получаете некий sql-файл.
7. Переходите в базу нового сайта и импортируете туда sql-файл, полученный на предыдущем шаге.
8. Идете на новый сайт и проверяете, что данные обновились, что все на месте, что ничего не поломалось, ничего не пропало и не появилось ничего лишнего.
Если все ок, то просто переключаете в настройках сервера корневую папку домена на папку с новым сайтом, или перекладываете файлы новой системы поверх старой.
Если что-то не устраивает - добавляете чего не хватает, или откатываете лишнее.
Примерно так.
Заказов не беру. Консультирую редко.