Ну это уже кунфу 90го левела
Я бы попробовал примерно в таком направлении:
В макете только пустые блоки.
В блоках ssi-вставки которые в момент генерации страницы по прямому урлу подтягивают результат ajax-обработчиков, но не от клиента, а еще на сервере. Nginx такое позволяет, например, Apache тоже можно заставить.
А когда чистый ajax то подтягивать нужные данные уже непосредственно по запросу из браузера.
У каждого раздела - свой макет _верхнего_ уровня, который будет становится как бы вложенным, из-за ssi и/или ajax.
В общем, дня за два-три эту схемку можно заставить работать, я делал что-то подобное, там есть грабли но их можно обойти.
Правда моя цель была увеличить скорость генерации страницы, за счет того что ssi-вставки в nginx обрабатываются параллельно, но никакого значимого результата это не дало, и я не стал дальше развивать эту идею.
А вообще, конечно, HostCMS не очень подходит для создания чисто-ajax сайтов, и дублированием функционала без оного.
Я правда не знаю, есть ли для этого какие-то специализированные движки...