Где хранятся шаблоны и макеты?

В процессе настройки сайта в первоначально установленные макеты и в типовые шаблоны внесены некоторые изменения, поэтому хотелось бы сохранить на компьютере файлы, содержащие текущие значения макетов и шаблонов.

В каких папках на сервере хранятся макеты и шаблоны?

Макеты хранятся в папке TEMPLATES. В админ части, слева от названия макета, есть ID. Например, макет с ID 13 имеет путь - \templates\template13\.
И если Вы имеете в виду XSL шаблоны, то они хранятся в \hostcmsfiles\xsl\. По такому же принципу с ID, как и макеты.
Но Вы можете не делать бэкапы, а в админке про сто копировать оригиналы и уже их редактировать.