Уточню проблему по первому вопросу:
В админке доп.свойства для групп настроены (т.е. лишние выключены), но на странице все равно отображаются свойства для всех групп.
Подозреваю, что проблема заключается в выводе на 2 уровне каталога всех товаров из дочерних групп. Для этого в ТДС прописала $Shop_Controller_Show->groupsProperties(true)->groupsMode('all'

->group(FALSE);
Можно ли в принципе при выводе товаров из дочерних групп отображать в фильтре доп.свойства, которые текущей группе назначены? Как это сделать?