Да нет же, ответ сервера 404 выдается нормально во всех случаях!
Но если Вы покликали по приведенным мною ссылкам, то могли увидеть, что в первом случае ссылка обрабатывается специально созданным узлом структуры и выводится страница с сообщением (как и должно быть):
HostCMS → Ошибка 404. Страница не найдена
Ошибка 404 - cтраница не найдена!
Перейдите на главную страницу, воспользуйтесь поиском или картой сайта.
А в остальных случаях этой обработки нет и на пустой странице скупая надпись
HostCMS: File not found.