Вывод ссылки на версию раздела в зависимости от версии сайта

Добавить elseif ()

Скажите, а возможно ли получить такой же результат, какой описывает автор поста, только с поддоменами: en.site.com и ru.site.com?  

Да. Оба поддомена указываются алиасами для одного и того же сайта, и в условии, которое написано на предыдущей странице, проверяется не путь на сайте а текущий алиас.
P.S. Но все-же, ИМХО, это извращение.

Вы считаете, что лучше это делать через структуру сайта,

trilogy, я считаю, что нужно делать два отдельных сайта, по одному для каждой языковой версии.
Все остальное - извращение, как над системой, которая под это в принципе не заточена, так и над разработчиками и администраторами сайта.