Это вы в xml еще ничего не переделали. Это вы только массив сформировали.
Для перевода его в xml нужно еще сделать
$ExternalXml = &singleton('ExternalXml');
$type = 1;
$shetxml = $ExternalXml->GenXml($schet_item, $type);
а потом прибавить этот код в остальному xml. Например так:
$usersxml = '<?xml version="1.0" encoding="windows-1251"?><document><users count="' . $usersCount .
'">' . $ExternalXml->GenXml($users, $type) . '</users>' . $shetxml. '</document>';
ну и выводить из шаблона добавленные данные, вызывая template для узла <shet> с соответствующим идентификатором.
Обратите внимание, что при этом способе добавления, изменяется корневой узел в xml! Возможно нужно будет пофиксить пару строчек в начале xsl-шаблона )