compaq,
Удаляет все модификации всех товаров всех магазинов:
DELETE FROM `shop_items_catalog_table` WHERE `shop_items_catalog_modification_id` != 0;
Обратите внимание, что такой запрос не рекомендуется, т.к. останутся другие данные - спеццены, картинки товаров и множество другого.