Стандартно в системе меню принадлежат сайту и показывают структуру именно этого сайта. Вы можете написать свои контроллеры и реализовывать в них требуемую логику.
Вы только что начали читать предложение, чтение которого вы уже заканчиваете.
нужно чтобы меню управлялось с site.ru т.е. изменили на нем в разделе структуры сайта и на всех сайтах отобразилось изменение? http://www.hostcms.ru/forums/2/10009/ не тоже самое?