Все платежные системы в стандартной поставке у первого магазина первого сайта.
Вы можете легко их перенести SQL-запросом (в разделе Обслуживание - SQL-запросы):
UPDATE `shop_payment_systems` SET `shop_id` = 3 WHERE `shop_id` = 1;
вместо цифры 3 подставьте ID вашего магазина (в списке магазинов поле код), скорее всего он у вас и есть с номером 3.