Пожалуйста:
$Shop_Controller_Show
->shopItems()
->queryBuilder()
// Модификации и остатки на складах модификаций
->leftJoin(array('shop_items', 'modifications'), 'modifications.modification_id', '=', 'shop_items.id')
->leftJoin(array('shop_warehouse_items', 'modifications_shop_warehouse_items'), 'modifications_shop_warehouse_items.shop_item_id', '=', 'modifications.id')
// Остатки на складах основного отвара
->leftJoin('shop_warehouse_items', 'shop_warehouse_items.shop_item_id', '=', 'shop_items.id')
// Есть остатки на основном складе
->having('SUM(shop_warehouse_items.count)', '>', 0)
// Или
->setOr()
// Есть остатки на складах у модификаций
->having('SUM(modifications_shop_warehouse_items.count)', '>', 0)
->groupBy('shop_items.id');